В вашей ситуации безопаснее вести бонус в прочий доход, а не переписывать себестоимость. Если по договору и акту это именно премия за объем, которая не меняет цену товара, то стоимость закупки, уже списанную себестоимость и вычет по НДС обычно не корректируют; корректировочный счет-фактура здесь не нужен.
По налогу на прибыль у покупателя такой бонус обычно идет как внереализационный доход, а датой признания берут дату акта, уведомления или иного документа, которым поставщик подтвердил премию. В бухучете практичнее тот же подход через счет 91: Дт 76 или 60 Кт 91-1, дальше - поступление денег или зачет.
Уменьшать 41 и 90-2 есть смысл только когда документы реально меняют стоимость поставки либо бонус можно прямо привязать к конкретным остаткам как корректировку их фактической себестоимости. Но Минфин отдельно оговаривал: премии включают в себестоимость запасов, когда они непосредственно связаны с конкретной единицей учета. У вас этого признака нет, поэтому путь через прочий доход спокойнее. Проверьте формулировку договора и чтобы бонус не маскировал услуги по продвижению.