По сути, если подрядчик вернул остаток ваших давальческих материалов, то это не расход этапа. Значит, затраты по этапу лучше уменьшить на стоимость фактически неиспользованного материала, потому что подрядчик обязан либо вернуть остаток, либо по соглашению сторон уменьшить цену работ; сами давальческие материалы стоимость работ по КС-2 не формируют, там они могут идти лишь справочно.
Дальше смотрите на период. Если ошибка выявлена в том же году и отчетность еще не подписана, я бы правил исходный этап: акт возврата, исправленный отчет о расходе материалов, сторно лишнего списания и возврат на склад. Если год уже закрыт, в бухучете применяйте ПБУ 22/2010: несущественную ошибку — текущим месяцем, существенную — по правилам исправления прошлых периодов. В налоговом учете общий подход — пересчет периода ошибки; текущим периодом обычно безопасно только когда была переплата по налогу. Без договора и даты утверждения отчетности точнее не подтвержу.