Безопаснее всего считать эту сумму не доходом сотрудника, а его задолженностью перед компанией. После возврата денег за билет на личный счет работник должен вернуть их работодателю, а вы закрываете расчеты как возврат неизрасходованной подотчетной суммы.
Оформите комплект документов: приказ об отмене поездки, заявление сотрудника о том, что перевозчик вернул деньги на его счет, подтверждение возврата от перевозчика или агента, банковскую выписку сотрудника с датой и суммой возврата, а затем ПКО или платежку на перечисление денег в организацию. Если вернулась не вся сумма, удержанный сбор или штраф оставляйте отдельно и проверяйте причину отмены поездки.
НДФЛ и взносов здесь быть не должно, если деньги реально возвращены компании и цепочка документов собрана. Риск дохода у физлица возникает, если сумму оставить у сотрудника, простить долг или не взыскать его; удержание из зарплаты лучше делать по письменному согласию работника либо приказом в срок, с учетом ограничений по удержаниям. Если отчет уже был закрыт, в учете просто восстановите задолженность сотрудника и погасите ее возвратом денег.