Такую сумму обычно не уменьшают себестоимостью. Если площадка признала именно утрату товара и перечислила возмещение убытка, я бы вела его через претензию и взаиморасчеты с маркетплейсом, а в учете отражала как прочий доход; для НДС это не реализация.
Себестоимость утраченного товара списывайте отдельно. Но сначала проверьте договор и формулировки отчета: если по документам это не компенсация, а выкуп товара площадкой, учет будет другим. Смешанные суммы в отчете лучше разнести по видам удержаний и выплат, иначе потом по сверке будет путаница.
