Как учесть штраф маркетплейса, удержанный из выручки

Такое удержание обычно не уменьшает выручку. Продажу отражайте по полной сумме отчета, а 48 600 руб. — отдельным прочим расходом как санкцию маркетплейса; в учете чаще делают Дт 91.02 Кт 76 и затем зачет при выплате. Налоговую базу по НДС и по доходу не снижайте из‑за удержания: площадки считают налоги с полной суммы продаж, а штрафы показывают отдельно от услуг и иных списаний. По самому штрафу входного НДС нет, если это именно санкция, а не услуга по УПД или счету‑фактуре.