При ваших вводных безопаснее вести сумму как прочий доход, а не как корректировку выручки: реализации нет, в отчете агента выплата стоит отдельно, а по п. 8 ПБУ 9/99 возмещение убытков относится к прочим доходам; для налога на прибыль такие суммы идут как внереализационные по п. 3 ст. 250 НК РФ.
Обычно это проводят через претензию: после признания суммы площадкой — Д 76 К 91-1, поступление денег — Д 51 К 76. Через счет 90 я бы не вел, если не было продажи и отдельного перехода права собственности. Сам факт передачи товара агенту право собственности не прекращает; оно прекращается при реализации, если договором не предусмотрено иное.
По НДС общий безопасный подход такой: если это именно возмещение ущерба за утрату, а не выкуп товара площадкой, объекта по ст. 146 НК РФ нет и начислять НДС не нужно. Но оферту площадки все же проверьте: если там прямо заложен выкуп утраченного товара или переход права собственности за компенсацию, тогда это уже ближе к реализации.