Безопаснее оформить это не как одностороннее удержание работодателя, а как добровольный возврат переплаты по письменному заявлению работника. Через два месяца после выплаты просто списать 17 300 руб. по приказу уже рискованно: для удержаний из излишне выплаченной зарплаты важны и основание, и срок, и отсутствие спора со стороны работника.
Сделала бы так:
— взять с сотрудника заявление, что он признает переплату 17 300 руб. из-за ошибочного двойного табеля и просит удержать эту сумму из ближайшей зарплаты либо по согласованному графику;
— в заявлении сразу зафиксировать сумму, месяц переплаты, причину, способ возврата и дату удержания;
— издать приказ и ознакомить сотрудника до расчета зарплаты;
— если хотите совсем убрать трудовой риск, еще безопаснее не удерживать из зарплаты, а принять от него добровольный возврат отдельным платежом в кассу или на расчетный счет.
По учету и налогам текущую зарплату просто «уменьшить» недостаточно. Нужно сторнировать излишнее начисление зарплаты тем месяцем, к которому относится двойной табель, и на эту же сумму пересчитать НДФЛ по сотруднику. Если налог оказался удержан лишний, его зачитывают при ближайшей выплате этому работнику; если отчетность с завышением уже сдана, проверяют, нужна ли корректировка 6-НДФЛ. Страховые взносы с переплаты тоже уменьшаются, потому что это начисления работодателя, а не удержание из зарплаты работника; если затронутый период уже отчитан, обычно нужна корректировка РСВ и перссведений.
На практике чаще всего ошибаются в двух местах: оформляют только «согласие на удержание» без нормального заявления на добровольный возврат и не исправляют исходный месяц начисления. Если переплата и исправление пришлись на разные календарные годы, порядок по НДФЛ и отчетности уже зависит от даты выплаты и того, что вы успели сдать, поэтому этот момент нужно смотреть отдельно по вашему периоду.