Безопаснее и методически правильнее — через 94. По недостаче, выявленной на инвентаризации, обычная схема такая: Дт 94 Кт 41, а уже после установления виновного лица и утверждения суммы к взысканию — Дт 73.02 Кт 94. Счет 94 как раз предназначен для всех выявленных недостач, независимо от того, потом они пойдут на расходы или на виновное лицо.
Сразу на 73 я бы не ставил. Так не делается: вы пропускаете этап фиксации самой недостачи и ломаете связку «инвентаризация — комиссия — решение руководителя — взыскание». По-хорошему нужны: инвентаризационные документы, объяснение кладовщика, решение комиссии, приказ руководителя. Если взыскиваете сумму выше учетной стоимости, разницу ведут через 98 и потом по мере погашения относят в прочие доходы.
По удержанию из зарплаты тоже проверьте детали: по распоряжению работодателя обычно удерживают не больше 20% каждой выплаты; если сумма больше среднемесячного заработка, пропущен месячный срок на приказ или нужен другой график, лучше взять письменное согласие работника, иначе уже суд. Поверьте, здесь аккуратность важнее спешки.