Снимать НДС с первого аванса безопаснее в апреле - датой письменного зачета на новый договор. Я бы проводила это как 2 события: по старому договору аванс прекращен, значит НДС с мартовского аванса можно взять к вычету; той же датой по новому договору возникает новый аванс и на него нужен новый авансовый счет-фактура.
Из документов лучше собрать: соглашение о расторжении первого договора, письмо покупателя о зачете, двустороннее соглашение или акт о зачете в счет нового договора, бухсправку. Старый авансовый счет-фактуру регистрируют в книге покупок, обычно с КВО 22, новый выставляют в течение 5 дней с даты зачета. Проверьте ставку НДС и сумму по новому договору - если они отличаются, может быть доплата или остаток аванса.