Покупатель не вернул многооборотную тару: реализация или недостача?

Сразу в реализацию такую тару я бы не переводил. Ключевое — что сказано в договоре: если у покупателя была обязанность вернуть тару или оплатить её стоимость, это сначала дебиторка и претензия, потому что накладная подтверждает саму передачу, а не продажу по отдельной цене. Если отдельной цены и условия выкупа не было, закрывайте через инвентаризацию, сличительную ведомость и акт; только потом списывайте в недостачу или убыток. Отдельную реализацию имеет смысл оформлять лишь по новому соглашению.

Списывать как недостачу я бы не стала. Для налоговых расходов недостача проходит, когда виновные лица не установлены и это подтверждено документом уполномоченного органа; у вас покупатель известен, значит это не складская недостача. Дальше все решает договор. Если в нем или в отдельном документе есть условие, что при невозврате тара выкупается покупателем, тогда оформляйте реализацию тары на дату нарушения срока возврата: цена, первичка, счет-фактура, налоги. Если такого условия и стоимости нет, безопаснее сначала провести инвентаризацию, направить претензию и оформить выкуп допсоглашением.