Суть такая: ориентироваться нужно не на сам месяц включения в реестр, а на квартал, когда приобретение от разработчика начинает использоваться в операциях, освобожденных от НДС. Если первая реализация прав на ПО без НДС будет позже сентября, то и восстановление — в том квартале, когда фактически начнете такую необлагаемую реализацию.
Для вашего случая ключевой момент — что именно было куплено у разработчика и как это дальше используется. Освобождение по НДС действует по операциям передачи исключительных прав или прав использования ПО из российского реестра, включая удаленный доступ, если речь не идет о специальных исключениях по интернет-рекламе, размещению предложений, поиску покупателей и заключению сделок. Само включение в реестр дает право на льготу, но обязанность восстановить ранее принятый к вычету НДС возникает именно тогда, когда эти товары, работы, услуги, имущественные права начинают работать на необлагаемую деятельность.
Практически я бы шла так:
— определить дату первой реализации без НДС по льготируемой операции;
— выделить, какие именно затраты от разработчика относятся к этой дальнейшей льготной реализации;
— по обычным товарам, работам, услугам и имущественным правам восстановить ранее принятый вычет в соответствующей части;
— по ОС и НМА восстановление считать не целиком, а пропорционально остаточной стоимости;
— с момента начала льготы вести раздельный учет облагаемых и необлагаемых операций. Если часть затрат используется одновременно в обеих видах деятельности, НДС распределяется по правилам раздельного учета, а не восстанавливается «всё подряд».
Важный нюанс: если услуги разработчика уже были полностью потреблены в прошлых облагаемых реализациях и дальше в необлагаемых операциях не используются, оснований восстанавливать именно эту часть вычета обычно нет. Восстанавливают то, что будет использоваться дальше в освобожденной деятельности. А вот если тот же программный продукт, лицензия, НМА или доработки продолжают использоваться после включения в реестр уже для продаж без НДС, восстановление нужно. Это как раз та зона, где чаще всего переплачивают, восстанавливая весь старый входной НДС без анализа состава затрат.
Еще проверьте оформление документов по первой льготной реализации: счета-фактуры и первичка должны идти без выделения налога, с пометкой «Без налога (НДС)». Если после сентября у вас останутся и облагаемые, и льготируемые операции, обязательно закрепите раздельный учет в учетной политике и проверьте, не попадаете ли на спор по пропорции. Без этих деталей безопасно ответить можно только так: не по факту включения в реестр, а по факту начала использования в необлагаемых операциях.
