Транспортные расходы пришли после списания материалов - как включить в себестоимость?

Списывать такую доставку сразу в прочие расходы обычно не стоит. Если перевозка относится к конкретной партии, ее логично довключить в фактическую себестоимость материалов и затем распределить между остатком материалов, незавершенкой, готовой продукцией и уже реализованным выпуском по вашей методике. Если связь с партией не подтверждается, тогда это уже косвенные расходы периода. Проверьте учетную политику и базу распределения: оставлять всю сумму на 20 счете или списывать все разом без распределения рискованно.