Зачет по пересортице возможен, но только как исключение: за один и тот же проверяемый период, у одного и того же материально ответственного лица, в тождественном количестве и по ТМЦ одного и того же наименования. Если у вас именно разные номенклатуры, а не один товар разных сортов или марок, я не могу подтвердить правомерность зачета; тогда безопаснее вести излишек и недостачу раздельно.
По стоимости для зачета берите учетную, то есть балансовую, стоимость каждой позиции. Зачитывайте только совпавшее количество; остаток оформляйте отдельно. Если стоимость недостачи выше стоимости излишка, разницу относите на виновное лицо, а если виновник не установлен — комиссия должна это отдельно обосновать в протоколе. Для взыскания с работника ущерб считают по фактическим потерям исходя из рыночной цены, но не ниже балансовой. Из документов нужны опись, сличительная ведомость, объяснение кладовщика, протокол комиссии и приказ руководителя.