Нет, принять НДС к вычету в этом случае нельзя. Даже если вы уже оплатили товар и получили счёт-фактуру, право на вычет возникает только после двух обязательных условий:
Товар должен поступить на склад и быть принят к учёту,
Должен быть получен корректно оформленный счёт-фактура.
Это установлено в п. 1 ст. 172 НК РФ: вычет возможен лишь после принятия товаров (работ, услуг) к учёту, а не по факту оплаты.
Почему так строго? Потому что предоплата — это ещё не расход, а лишь актив в учёте (аванс). ИФНС при проверках обращает на это особое внимание. Преждевременный вычет считается занижением налоговой базы, за что могут доначислить НДС, пени и штраф.
Исключение — импорт. Если вы перечислили аванс за импортный товар, можно заявить НДС к вычету с суммы уплаченного таможенного НДС. Но это уже отдельная история, связанная с ВЭД.
Вывод: дождитесь фактического поступления товара и только после этого заявляйте вычет. Так будет правильно, безопасно и без проблем при проверке.