Подписывать ДС в предложенной редакции я бы не стала. Ключевой вопрос не в самой фразе, а в датах: когда утрачено право на НПД и с какой даты исполнитель зарегистрирован как ИП. Если на дату выплаты он уже ИП и получает оплату именно как предприниматель, заказчик по такой выплате обычно не является налоговым агентом по НДФЛ; если же выплата относится к периоду, когда это было обычное физлицо без статуса ИП, тогда у заказчика возникают НДФЛ и страховые взносы.
Поэтому безопасный вариант такой:
— зафиксировать в ДС не общую формулировку «в связи с приобретением статуса ИП», а конкретную дату регистрации ИП, ИНН, ОГРНИП и новые реквизиты;
— прописать, что с этой даты исполнитель действует как ИП в рамках предпринимательской деятельности;
— запросить подтверждающие документы: выписку/лист записи ЕГРИП, подтверждение утраты НПД или прекращения применения режима, актуальные банковские реквизиты;
— отдельно проверить, когда фактически оказаны услуги и какой датой будет подписан акт. Само условие «исполнитель возмещает налоги» вас не спасает: обязанности налогового агента и плательщика взносов нельзя снять одной договорной оговоркой.
Заменить обязанность по чекам на счета, акты и УПД можно только на период после утраты НПД, когда исполнитель уже работает как ИП. Чек НПД нужен именно при расчетах в период применения НПД; он подтверждает расходы заказчика по сделке с самозанятым. Если оплаты еще не было, а статус НПД уже утрачен, выдать чек НПД под будущую оплату он уже не должен. Значит, старую часть договора про чеки лучше не «переписывать задним числом», а прекратить ее действие с даты утраты НПД и дальше оформлять расчеты как с ИП.
Практически риск у вас один: если услуги фактически оказаны после утраты НПД, но до регистрации ИП, либо это нельзя четко разделить по датам, налоговая логика будет в пользу выплат обычному физлицу с удержанием НДФЛ и начислением взносов. Экономически это дороже, но безопаснее. Если же ИП зарегистрирован до выплаты и есть нормальный комплект документов, платить можно уже как ИП без режима самозанятого.