Безопаснее делить ретро-скидку между уже проданной частью и остатком на складе. По сути, если скидка меняет цену уже полученной партии, должна уменьшиться фактическая стоимость товара: по непроданному остатку — в запасах, по проданному — в ранее признанной себестоимости. Оставить всю скидку только на остатке рискованно: расход по продаже останется завышен.
Делал бы так:
— берете допсоглашение/иной первичный документ на снижение цены и корректировочный счет-фактуру;
— сумму скидки без НДС распределяете именно по той партии;
— если месяц закрыт только технически, но отчетность еще не сдана, лучше открыть период и пересчитать;
— если расход по проданной части уже попал в сданную декларацию по прибыли, проверьте необходимость корректировки расходов за тот период и подачи уточненки.
По НДС тоже не затягивайте: при уменьшении цены покупатель восстанавливает НДС в периоде более ранней даты — получения первички на уменьшение стоимости или корректировочного счета-фактуры. Если у вас средняя/FIFO и партия уже смешалась с другими остатками, без данных учетной политики точный механизм распределения честно не определить.