Ставку 0% по экспорту в ЕАЭС подтверждать по каждой отгрузке отдельно?

Безопаснее подтверждать 0% по каждой отгрузке отдельно, по датам отгрузочных документов; единая оплата сама по себе партии не объединяет. Но честно: прямого ответа именно на ваш кейс я по доступным проверяемым материалам не нашла. Что подтверждено: в материале о торговле с Беларусью пакет строится вокруг заявления о ввозе с отметкой ИФНС и транспортных документов, а в обзоре по НДС — что право на 0% подтверждают в срок 180 дней. Поэтому проверьте, оформлено ли заявление так, чтобы в нем читались обе поставки. Если нет, рискованно смешивать.

Да, ориентир у вас верный - для ЕАЭС смотрят не "заказ целиком", а каждую отгрузку по дате ее отгрузочного документа. Срок на подтверждение 0% идет 180 дней именно от даты отгрузки, а база по подтвержденному экспорту определяется на последнее число квартала, когда собран полный комплект документов. Одна оплата позже ничего не меняет - она не объединяет две партии в одну для подтверждения 0%. Контракт может быть один, но подтверждающие документы вы все равно держите в привязке к каждой отгрузке. Практически - ведите две отгрузки раздельно по срокам 180 дней. Если обе успели подтвердить до сдачи декларации за нужный квартал - покажете обе как подтвержденный экспорт; если по одной комплект не собран, риск уже по ней отдельно.